Hola! Con una corrección general, quedaría asi: 'Nunca pensé que llegaría el dia en el que quedarme en la biblioteca estudiando tranquilamente fuera un lujo.' Llegaría es la forma correcta para el condicional. Llegara esta conjugado en preterito imperfecto del subjuntivo, este se usa en algunas oraciones subordinadas y para expresar cortesía o cautela, no tiene nada que ver con el condicional (justamente yo lo usé en 'fuera un lujo', porque me parece que queda mejor). Saludos! REF.: I'm a Certified Spanish Teacher.

Al haber empleado "había pensado" situándose la acción en el pasado no tiene sentido emplear el presente de subjuntivo "llegara", y luego volver al pretérito imperfecto de subjuntivo "sería". "Llegara" hace referencia a que se ha hecho realidad, mientras que "había pensado" expresa que es posible pero no cierto, una suposición o deseo poco factible. Quizás sería más correcta una estructura así: "Nunca pensé que llegara este momento", hablando desde el presente en todo momento, recordando mis pensamientos pasados y que este momento ha llegado.