Лучше всего забивать гвозди молотком. Но если под рукой нет молотка и ничего на него похожего, то для забивания гвоздей можно использовать микроскоп и другие непохожие на молоток вещи. Выражение "забивать микроскопом гвозди" означает использовать неподходящие средства, особенно если под рукой подходящих средств нет, а результат нужен побыстрее. Используется для эмоционального усиления. Например, можно сказать, что использовать ультрасовременный компьютер чтобы музыку слушать да в тетрис играть — это как микроскопом гвозди забивать. Несколько похоже на более старое выражение "стрелять из пушки по воробьям", но не полностью идентично ему.

Делать что-то нерациональное и бессмысленное, пытаться сделать что-то вещами/методами, для достижения подобной цели не предназначенными.

Тут дело в том что микроскоп 1.дороже молотка) (У вас есть гвозди, и надо их забить. Вы купили микроскоп вместо молотка. Глупо...) 2. его можно использвоать множеством Куда Более Интересных способов:) ( У вас есть микроскоп. Но вы не придумали как его лучше применить кроме как для забивания гвоздей. Инженеры, биологи и создатели молотка смотрят на это и грустят...) 3. он может испортиться в процессе забивания. (ну жалко же...) Любое из трех может иметься в виду. Вообще - инжеренам это бывает обидно даже когда такое использование рационально. См. тут: http://ru.wiktionary.org/wiki/забивать_гвозди_микроскопом

В дополнение к уже сказанному выше. На мой взгляд, у этого выражения есть еще дополнительный оттенок. Используется вещь не просто не подходящая изначально. В данном случае, микроскоп - это довольно высокотехнологичная вещь и использовать его для забивания гвоздей это еще и нерациональное использование ресурсов. То есть, если нет молотка, то, конечно, можно использовать все, что угодно (включая пресловутый микроскоп). Но изначально микроскоп делался с совсем другой целью и такое его использование даже несколько его обесценивает, так как используется лишь малая часть его возможностей. Например, если использовать google только для того, чтобы узнать адрес сайта facebook и больше ничего с его помощью не искать. :)