¡Hola Denis!
1)
Yo siempre pensó que eso era un error
El verbo es incorrecto, se debería decir "Yo siempre pensé que eso era un error".
Yo siempre pensaba que eso era un error
Suena un tanto extraña en esta frase, tal vez sería mejor decir "Yo siempre he pensado que eso era un error" o quitar la palabra "siempre" para que fuera "Yo pensaba que eso era un error". Sin embargo no es incorrecta.
Hay dos diferencias cuando se utilizan estos verbos, generalmente dependen de la acción de la que hablan. Por ejemplo en la primera frase "Yo siempre pensé que eso era un error" se daría a entender que lo que pensaba era un error, o también que era algo que pensabas y ya no lo piensas. En la segunda frase "Yo (siempre) pensaba que eso era un error" hay más incertidumbre, y la mayor parte de las veces se usaría para hablar de algo que creía que era incorrecto y en realidad sí era correcto.
2)
Yo siempre pensó en eso
Como antes, debería ser "Yo siempre pensé en eso".
Yo siempre pensaba en eso
Igual que antes.
La primera serviría para enfatizar más que hace tiempo que no pienso en eso. Y la segunda podría servir para hablar de algo que hace tiempo empecé a pensar, y ahora en este momento he dejado de pensar o sigo pensando. Estos matices también dependen mucho de los países que visites, porque la forma de hablar en España y Latinoamérica son diferentes.
3)
Fue un hombre que siempre pensó que eso era un error
En este caso la oración es correcta porque el sujeto es el apropiado.
Era un hombre que siempre pensaba que eso era un error
En este caso, en la primera oración se podría pensar que el hombre ha fallecido o bien que dejó de pensarlo hace un tiempo. Para la segunda oración, podría ser que el hombre hubiera cambiado de parecer hace poco.