Tianさんが言っているように、丁寧にお願いするときにこの文法をつかいます。
たとえば、Tianさんが同僚に仕事を頼みたい時、
「この仕事をやってください。」よりも
「この仕事をやってもらってもいいですか?」 と言ったほうが相手の人にやさしい印象をあたえます。友達に対しても、仕事でもよく使います。
先生が言っていたのは違う使い方でしょう。相手に許可を求めるときにも、
「~てもいいですか?」を使います。
「今日は家に早く帰ってもいいですか?」は
自分は早く家に帰りたいです、YESといってください。と言いたい時にこの言い方を使います。
なので
「~てもいいですか?」
は、
・許可してほしいとき
・丁寧に請求したいとき
どちらでも使います。