Je dirais « j'étais triste qu'il soit là ». La deuxième phrase plutôt l'impression que d'abord il a été là, et plus tard j'ai été triste (peut-être qu'en anglais ça serait « I was sad that he had been here »). C'est vrai que d'habitude en français on applique la concordance des temps (si le début de la phrase est au passé, la fin aussi), mais là ce n'est pas le cas. D'ailleurs si on devait faire concorder les temps il faudrait utiliser le subjonctif imparfait « j'étais triste qu'il fût là », mais en pratique le subjonctif imparfait est assez rare sauf dans des textes utilisant un français très soutenu.