いてもらう＝受動態／あなたが、いてくれること。。。が、迷惑です。 I think the real meaning of this sentence is stronger than あなたが居ると困ります。 大阪弁のよくある言い回しです。 いてもうたら、困るっちゅうてるやろ！って、内心、どなりそうな感じです。 または、かなり困ってます。もう、本当に勘弁してっ（＝してほしい）て思ってます。

This is an expression which has a sarcastic touch. 「もらう」 implies "someone (kindly) doing it for me/the speaker". 1). お母さんに髪を切ってもらった： Mother (kindly) gave me a hair cut. 2). おばあちゃんにお土産をもらった：Granma (kindly) game me a souvenir 3). 一人じゃさびしいのかい、だったらお兄ちゃんに一緒にいてもらいなさい。 　　　you feel lonely? Then you should ask your brother to stay (kindly) with you. 4). あんたにいてもらったら(困るんやわ）： 　　(you kindly gave me your being here) - > if you (kindly) stay here (for me), The speaker/the listener(3) is happy with the situation in 1), 2), and 3), but not in 4).

It's a softened way to say 「あなたがいたら困る」