Hola, Tamar.
Efectivamente, en tu pregunta está la respuesta: el subjuntivo ("que pagaran") es tu valoración, es tu juicio sobre el hecho. Puede sentirse hasta cierta ironía si le colocas delante, por ejemplo, "sería gracioso"...que al final fueran los estudiantes...
El indicativo, que es correcto también, pero que describe otra actitud del hablante, la certeza, sirve para describir lo que efectivamente sucedió. Es una mera descripción en el pasado. Con el subjuntivo, tal realidad no ha sucedido expresamente, pero estás juzgando el escenario.
Espero ser de ayuda.
Gisela