이것이 책상입니다.
This(not that) is a desk. (comparing two things, focusing on a subject)
이것은 책상입니다.
This is a desk. (introducing an object)
or This is a desk, not a chair. (focusing on the thing that is being explained.)
e.g
1. 냉면은 좋아? 국수는 좋아?
-> 냉면이 좋아? 국수가 좋아? (comparing 냉면 with 국수, focusing on 냉면, 국수)
2. 팔이 괜찮은데, 목은 아프다.
-> 팔은 괜찮은데, 목이 아프다. (focusing on 괜찮은데, focusing on 목)