"Carga" (= Cargo) es la acción del verbo "cargar" ( o poner cosas sobre un vehículo para su transporte) y también "la cosa transportada en un vehículo". En tu caso si se habla de embarcar se entiende que es en un barco.
"Bulto" (=piece of luggage, bag, sack) es cualquier "paquete", "bolsa", "fardo" dicho en el sentido de tu frase.
Con respecto a la frase 2., es más correcto decir: "El frijol verde puede embarcarse (o se puede embarcar) a granel o EN sacos de cáñamo"; ya que el frijol está en el interior (EN) de los sacos de cáñamo.
En cuanto a tu frase 1., debe expresarse: "En cada carga de bultos SE DEBE marcar (o DEBE MARCARSE, DEBE IR MARCADO, DEBE FIGURAR) el puerto de destino, número, peso bruto y neto, tamaño y signo.