Podrías haber utilizado "es" en ambos lados, sólo que la frase quedaría bastante redundante, es decir, la misma palabra usada dos veces en tan pequeño párrafo, así que no estás mal. Podría ser también:
La moto que se ha comprado no está nueva, pero es casi nueva.
Esta frase te explica que puedes acomodar el es de primeras y luego el está, o viceversa; sin embargo, si miras cuidadosamente, hay otro gran error: la palabra nueva está repetida.