You use them to specify location, time or method.
매주 일요일에 버스로 교회에 갑니다. (...에, ...로, ...에)
I go to church by bus on every sunday. (to... by... on...)
Not much different from English on this.
And why 주말에는, not 주말에?
'주말에 항상 집에 가요' vs '주말에는 항상 집에 가요'?
Both are possible but 주말에는 add '는' an auxiliary word and it could be an emphasizing or comparative one.
주말에는 집에 가요. (emphasize)
토요일에는 집에 가지만, 일요일에는 교회에 가요. (comparison)