Las 3 significan lo mismo, te disculpas por algo que has hecho (has tropezado con alguien, por ejemplo) o que estás haciendo o harás, por ejemplo "perdón por la interrupción, pero tengo que entrar un momento". Lo que las diferencia es a quien las diriges:
- "Perdona" corresponde a la segunda persona del singular, por lo tanto es para quienes tratas de "tú".
- "Perdone" va dirigido a una persona a la que tratas de usted: un desconocido de cierta edad, una persona mayor... alguien que merece un trato de respeto o con quien has de mantener cierta “distancia” en el trato.
- "Perdón" es genérico, vale para personas que conoces y perfectos desconocidos; para gente de du misma edad y para personas mayores... Esto quiere decir que lo puedes decir sin fijarte en la persona a quien se lo dices, por eso te he puesto como ejemplo el hecho de tropezar con alguien. Puedes decir "perdón" sin fijarte previamente en si se trata de alguien joven o mayor, etc.