ここでの “で” は同格と呼ばれる文法です。
EXAMPLE of で)
●私の[友達] ”で” [学校の先生]がいます。
友達=学校の先生
In this case, 友達 is a 学校の先生.
●私の[友達] ”で” 父親が学校の先生をしている[人]がいます。
友達=人
In this case, 友達‘s father is a 学校の先生
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被害者の[孫] ”で” 父親が漁業協同組合の役員の[男性]が刃物のようなもので刺されて大けがをする事件が起きていました。
There are three people here: 被害者、孫、父親
●The simple sentence structure is; 男性が刺されて
●被害者の孫=男性 → 刺された人は「被害者の孫」
NOT 被害者 in your sentence
●被害者の孫の父親=農業協同組合の役員
被害者の孫で父親が漁業協同組合の役員の男性が刺された.
The English sentence for the subject and the predicate parts is;
The victim's grandson whose father is an executive of 農業協同組合 got stabbed.
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Q: How many people was injured?
Ans: In this criminal case, 孫.
Also, I imagine that there is another victim(被害者 in your sentence) in another criminal case.
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刺されたのはこの文章にある「被害者」ではなく、「被害者の孫」であることが、この文章を読むことが難しい理由の一つであると思います。また、「孫=男性」を結びつけるのも難しいですね。両者の間の「父親が...」が「孫=男性」を分かりにくくしていると思います。