1. Продвинутая философия (advanced). Сложный раздел философии (a complex branch). Запутанная, мудрёная философия (complicated).
If it is about a course, I'd say "У меня продвинутый курс философии", OR "у меня углубленный курс философии", OR "у меня расширенный (extended) курс философии".
It is is about a difficult branch/topic that you're learning today, I'd say "я учу сложную тему по философии", OR "я сейчас прохожу сложный раздел философии".
2. "... в то время как на самом деле я имею в виду..."
"... но на самом деле я хочу сказать, что ..."
"Я обычно говорю что это простой тест, но подразумеваю что на самом деле он сложный".
"Хотеть сказать" is a useful and pretty common phrase, it means "to mean something":
"Я хочу сказать, это хороший вопрос!" = "I mean, this is a good question!"
"Что ты хочешь сказать?" = "What do you mean?" == also equal to: "Что ты имеешь в виду?".