The same as the difference in the english language between:
She hadn't been in labor.
She hadn't been in labor yet.
بعد فى نهاية الجملة تفيد تسلسل الأحداث وتعاقبها بجزم نفى أنها بدأت عملية الولادة بالفعل ولا أعتقد أن الجملة الثانية (التى تحتوى على بعد) يمكن أن تقال بمفردها وإنما فى سياق وإطار سرد قصة أو وقائع ما حتى يكتمل المعنى
أما الجملة الأولى يصح أن تقال بمفردها ويكتمل المعنى