"У нас было три канала" - это правильно. Но на самом деле, вопрос сложный.
Глагол "быть" здесь можно с равным успехом отнести как к каналам, которых несколько (тогда "были"), так и просто к чему-то абстрактному (тогда "было").
Вот если что-то вроде "3 канала показывали одно и то же" - средний род здесь точно неприемлем.
Субъективно, "было" звучит лучше, я бы так и сказал. Но и "Были" слух бы не резануло.
Одушевленность, кстати, с моей точки зрения тут роли не играет. "У старика было 3 сына" - так сказать вполне можно.
А вообще, я бы скорее перефразировал так: "Наш телевизор показывал 3 канала". Это и естественней, и все однозначно :)
Даже попробовал в Google поискать. "были три канала" - ~1000 результатов, "было три канала" - ~7000 результатов. В принципе, как я и говорил - можно услышать и то, и то, но "было" более естественно, большинство носителей русского языка сказало бы так.