I am very curiouse to know what author actually meant there, but can’t clearly understand
高い値が出た地点では後日、八地点で土を採取し直し、汚染はその地点だけなのかどうかを確かめた。

the full contex:

東京電力福島第一原発事故から三年七カ月が過ぎ、東京湾の放射能汚染はどうなっているのか。本紙は九月、独協医科大の木村真三准教授（放射線衛生学）の協力を得て、海底の土や水を調べた。沖合の汚染は低かったが、河口周辺ではかなり高い汚染が広く残っていることが確認された。木村准教授は、魚介類も含め継続的に監視する必要性をしている。
調査は九月六、七の両日、東京湾に注ぐ主要河川の河口など九地点で、海底の土と海水の放射性セシウムの濃度を調べた。」

???. 高い値が出た地点では後日、八地点で土を採取し直し、汚染はその地点だけなのかどうかを確かめた。????

Question

I am very curiouse to know what author  actually meant there, but can’t clearly understand
高い値が出た地点では後日、 八地点で土を採取し直し、 汚染はその地点だけなのかどうかを確かめた。

the full contex:

東京電力福島第一原発事故から三年七カ月が過ぎ、 東京湾の放射能汚染はどうなっているのか。本紙は九月、 独協医科大の木村真三准教授（ 放射線衛生学） の協力を得て、 海底の土や水を調べた。 沖合の汚染は低かったが、 河口周辺ではかなり高い汚染が広く残っていることが確認された。  木村准教授は、 魚介類も含め継続的に監視する必要性をしている。 
 調査は九月六、 七の両日、 東京湾に注ぐ主要河川の河口など九地点で、 海底の土と海水の放射性セシウムの濃度を調べた。」

???. 高い値が出た地点では後日、 八地点で土を採取し直し、 汚染はその地点だけなのかどうかを確かめた。????

Answer

I understand what you say. This text is hard to understand, even if I'm Japanese.

Your misunderstanding contains this phrase "東京湾に注ぐ主要河川の河口など九地点で". 
This means "at 9 points, includes the mouses of main rivers that connect to Tokyo Bay".
So, this text doesn't say like "8 points of the mouse of rivers, and 1 offshore", just 9 points of somewhere.

And I want to rearrange the order of these sentence.

1. 東京電力福島第一原発事故から三年七カ月が過ぎ、 東京湾の放射能汚染はどうなっているのか。
2. 本紙は九月、 独協医科大の木村真三准教授（ 放射線衛生学） の協力を得て、 海底の土や水を調べた。 
3. 調査は九月六、 七の両日、 東京湾に注ぐ主要河川の河口など九地点で、 海底の土と海水の放射性セシウムの濃度を調べた。
4. 沖合の汚染は低かったが、 河口周辺ではかなり高い汚染が広く残っていることが確認された。
5. 木村准教授は、 魚介類も含め継続的に監視する必要性をしている。

This order maybe make you understand better, I guess.
This text means Prof. Kimura researched only 1 time, and he suggested that we have to keep on watching.