"To be", en una pregunta, se usa cómo se usaría estar/ser en español.
"To do" ("do/does") se usa con otros verbos como auxiliares para formar preguntas:
¿Eres francés? = Are you French?
¿Estas en Colombia? = Are you in Colombia?
¿Te gusta esta película? = Do you like this movie?
¿Ella habla español? = Does she speak Spanish?
¿Te acuerdas de mi hermano? = Do you remember my brother?
Por supuesto, hay otros tipos de preguntas que no usan to be o do/does (sino can, would, etc.).
Tenga cuidado con: ¿Cuantos años tienes? (en ingles se usa el verbo "to be" para la edad) = How old are you? Ademas, en otras frases mas complicada no se usa do