悪性だった場合　implies "after doing something then you find 悪性” 　　悪性の場合、does not imply such beforehand action. Let me explain with broken Chinese. ＊＊＊良性の場合、悪性の場合。 -> "良性／悪性" 的 "場合” 　　　例：「良性の場合は、手術は必要ありません。しかし悪性の場合は...」 ＊＊＊良性だった場合、悪性だった場合。 「た」implies "completion", "fixed", like Chinease ”了" 　　　　例：この腫瘍が良性か、悪性か、それは開腹しないことにはわかりません。 　　　　　　　実際に目視して、もし悪性だった場合は…、最悪の事態も想定する必要があります。 　　　　in the sentene above , it is better to say もし悪性だった場合は than ”もし悪性の場合は” 　　　　because it describes, "開腹、目視、then finally you have found it is 悪性"

Not much difference - except that the first sounds a bit more spoken (informal) and the latter more succinct (appropriate for formal writing).