Both. According to the case. If we count numbers, we call "いち に さん し(よん) ご ろく しち(なな) はち きゅう(きゅう) じゅう"
If you express a number of stuffs(example] dogs). You can say"よんひきのいぬ" "ななひきのいぬ"”きゅうひきのいぬ”(all usages call "kunyomi[Japanese reading]").
onyomi [chinese reading]
四方八方(しほうはっぽう)
七面鳥(しちめんちょう)
九分九厘(くぶくりん)