Die Unterschiede sind sehr klein, dennoch gibt es gewisse Tendenzen, wann man welches Verb nutzt.
Verwenden sagt man eher im Zusammenhang mit Verbrauchsmitteln, also wenn man Dinge verbraucht und hinterher weniger davon übrig hat als zuvor.
Beispiel: Um einen Kuchen zu backen, verwende ich Zutaten (Mehl, Butter, Eier). Danach habe ich einen Kuchen, aber weniger Zutaten im Schrank.
Benutzen wiederum sagt man eher im Zusammenhang mit Werkzeugen oder Hilfsmitteln, wenn man etwas gebraucht, es aber nicht "weniger" wird.
Beispiel: Um den Kuchen zu backen, benutze ich eine Form. Nach dem Backen spüle ich die Form und dann ist sie wieder genauso wie zuvor, sie ist nicht weniger geworden.
Anwenden sagt man eher im Zusammenhang mit Dingen, die zuvor einer gewissen geistigen, teilweise auch körperlichen Anstrengung bedurft haben.
Beispiel: Man wendet sein Wissen, Kenntnisse und Fähigkeiten an. Man wendet bei bestimmte Sportarten bestimmte Techniken an, wie man seinen Körper bestmöglich bewegt. (Man kann dies alles aber auch nutzen oder benutzen.)
Ganz oft kann man diese Verben jedoch synonym gebrauchen, eine klare Trennung ist nicht möglich. Es mag mühsam erscheinen, aber am besten ist es tatsächlich die Verben zusammen mit den passenden Substantiven zu lernen und nicht für sich allein.