これはものすごく英語臭い日本語です。
英訳した方が文章構造が分かりやすくなると思います。
こんなかんじでどうでしょうか?
"The only thing that we, or I, was allowed to do was
to accept that pain - thinking about which was by itself a pain - and to get caught by obsession which became more fiercely (by accepting the pain).
「思うことそれ自体が苦痛である、その苦痛」はおそらく、
「その苦痛について思うことそれ自体が苦痛である、その苦痛」という意味で、再帰的(recursive)な言い方です。