"Par" exprime le moyen, la manière dont la chose est faite. Par exemple, "je tiens à ce que ce colis soit expédié par avion".
"Sous" est synonyme de "en dessous de". La lettre se trouve dans l'enveloppe, mais on dit en effet, "à remettre sous enveloppe". Ce qui signifie ne pas donner la lettre telle quelle mais "sous enveloppe".