No tiene demasiado sentido que se refiera a una aplicación, pero dar de baja es la acción de anular o rescindir un contrato (incluido el aceptar los términos para registrarte en un servicio online) con la intención de cesar en el uso de algo. 

Das de baja la línea de teléfono.

Te das de baja de tu seguro de vida.

También puede entenderse como cancelar una suscripción: Me he dado de baja de Netflix.

Si estás pagando por una suscripción a una aplicación y deseas dejar de hacerlo, tendrás que "dar de baja" el servicio. 

Dar de baja = Cancelar un pago periódico. 

Como bien mencionan los comentarios anteriores, en esta frase que compartes no se puede utilizar "dar de baja" en su lugar sería mejor usar la palabra "desinstalar" ya que el contexto da la idea de que la persona no puede quitarla de su teléfono.