Las dos alternativas se refieren al futuro. Por algún motivo, en Chile usamos solamente "Voy a comer". Prácticamente nunca se dice "Comeré". Si te fijas bien, "Voy" es una conjugación en presente y "comer", también. Entonces, con dos verbos en presente, se puede armar una frase relativa al futuro. Al final, resulta mucho más sencillo usar "Voy a...", porque así no es tan necesario aprenderse las conjugaciones del tiempo futuro.

voy a comer: I'm going to eat comeré: I'll eat

Voy a comer significa que vas a comer dentro de poco o ya. Comeré esta en futuro, porque vas a comer, pero no sabes cuando.

"Comeré" isn't very used, well...it's never used. But if you sue it, it would be to speak about a far future. "Voy a comer" is really used and it's said when you will eat soon.