Las dos son válidas, depende de cómo acabe la frase. Por ejemplo: 1. Mi pueblo natal está en China. 2, Mi pueblo natal es Xi'an. ¿Entiendes?

Estoy de acuerdo con Antón. Ambas son correctas mientras distingas el objetivo con el que se usan. Si dices "está en..." se espera que sitúes una región que contiene el lugar específico del que hablas. Si dices "es" se espera el lugar específico.

Las dos son correcta, depende cual de la dos necesitas, si quieres indicar donde queda tu pueblo natal usa la primera, Mi pueblo natal está en República Dominicana. Si quieres decir cual es tu Pueblo natal usa la segunda: Mi pueblo natal es Higuey.