Eu costumo falar isso para o meu marido quando ele me surpreende chegando em casa antes do horário. Ele chega todo dia as 7:00PM, e um dia chega no meio da tarde eu falo: - Ué! Chegou? Esta é uma expressão que resume algo como: - O que aconteceu no trabalho para você ter chegado em casa tão cedo? (Ué: é uma interjeição que expressa surpresa, espanto ou dúvida.)

Provavelmente se foi depois dos dois beijos, talvez ele se tivesse a referir aos beijos. Teria de ver o filme para analisar a cena.

Para ele falar " chegou " creio que ele estava sendo irônico , como se ele a esperasse mais cedo e ela tivesse chegado tarde demais

Acho que foi ironicamente que ele falou"chegou?"talvez era tarde demais.

Não é comum. Achei bem estranho, claro que teria que analisar melhor o contexto.