Ciao Roberto, la tua domanda è molto interessante. Hai ragione, si potrebbe scrivere "Non ti vedo ma so che ci sei"; l'uso del pronome "lo" serve a dare maggiore enfasi, cioè a mettere in evidenza, la frase oggettiva "che ci sei". Questo tipo di costruzione della frase si chiama "dislocazione a destra": si anticipa il complemento (o la frase subordinata) con un pronome per dargli maggiore evidenza. Ad esempio, se nella frase "ho visto quel film" voglio dare maggiore enfasi al film, dirò "l'ho visto quel film"; oppure "sono nato a Roma" diventa "ci sono nato, a Roma". La dislocazione a destra (così come altri costrutti analoghi, come la dislocazione a sinistra e la frase scissa) è molto frequente nell'italiano parlato contemporaneo.

Non devi sempre usare "lo" :) in questo caso è un rafforzativo :)