Muchas veces, inconscientemente, la gente las mezcla, pero yo creo que usamos "cuál" cuando se nos presenta con dos o más objetos reales a elegir,
Tengo uno rojo y el otro azul, ¿Cuál prefieres?
y usamos "qué" cuando se trata de información abstracta o una explicación.
Podemos salir de viaje hoy o mañana, ¿Qué prefieres?