D'abord, j'aimerais signaler que tu comprends mal le «s'il». «s'il», c'est la contraction de «si» et de «il». On ajoute les deux ensemble et on obtient «s'il» (remarques l'emplacement de l'apostrophe). Ce n'est pas «si'l».
si + il = s'il
1) On dit "Je ne sais pas s'il est parti."
Ça n'existe pas, "Je ne sais pas s'il soit parti." Mais on peut dire "Je ne pense pas qu'il soit parti."
«penser» est l'un des verbes avec lequel on peut utiliser le subjonctif au négatif. Par exemple:
"Je pense qu'il est parti." Mais au négatif, on a:
"Je ne pense pas qu'il soit parti." ou "Je ne pense pas qu'il est parti."
On peut utiliser les deux, même si la première forme (avec subjonctif) semble s'utiliser davantage que la deuxième.
2) On peut dire "Je ne savais pas qu'il était parti." en parlant d'un évènement passé. Mais si on est au présent, et qu'on se demande si cette personne est toujours là ou pas, on ne peut dire que "Je ne sais pas s'il est parti (ou pas)."
On peut utiliser "Je sais qu'il est parti" comme dans la phrase suivante:
"Est-ce que tu a vu Thomas? Je sais qu'il est parti, mais je me demandais si tu as eu le temps de le voir avant qu'il (ne) parte."
En réponse à ton commentaire: Non, on ne peut pas dire ça. Même si on n'est pas certain que la personne soit partie, on ne peut dire que "Je ne sais pas s'il est parti." ("I don't know if he has left", "I don't know whether or not he has left").
Le subjonctif peut s'utiliser dans d'autres cas que le cas de doute. Pour ça, il faut regarder dans un livre de grammaire et écouter des français parler. Il y a certaines choses qu'on ne peut savoir qu'en étant exposé au vrai français.