Em geral, as três frases significam "reze sobre isso", ou seja, reze em qualquer situação. Já vi esse texto estampado em camisetas. Qualquer dúvida pode perguntar e ficarei feliz em ajudar!

pray on/over é orar sobre, porém eu não usaria isso(e nunca vi ninguém usando), eu diria "pray for" pray through é algo mais intenso, tipo quando trazes algo na presença de Deus.