「ずきんと」（zukinto）sounds more natural and is commonly used, I think. :-) "Zukin-to" means one-time rather sharp pain in the deep area. If you say "zukin-zukin", the pain repeats in certain part of your body.

痛みの表現は難しいですねー！説明も難しいですが・・・。 「ズクンと痛む」というのは、体の奥から感じられる痛みです。 内臓に重りがついていて、起き上がったときにその重りが引っ張られると想像してみてください。痛そうじゃないですか？ Rosieさんは女性なので想像できると思いますが、生理が重いときなどにこういう表現を使えます。 よく分からなかったらごめんなさい^^;;