Le temps à San Francisco est principalement nuageux la plupart du temps. (That basically says the weather is predominantly cloudy most of the time). I'd use this because I doubt it's cloudy there 365 days a year, but I could be wrong. Le temps à San Francisco est principalement nuageux tout le temps. (States it's predominantly cloudy all the time).

C'est nuageux la plupart du temps à San Francisco. Le temps est couvert la plupart du temps à San Francisco. Plus souvent qu'autrement, il fait nuageux à San Francisco. (that last one says "more often than not, it's cloudy in S F")

La plupart du temps le climat est nuageux a San Fransisco