「別にホントの事じゃん？」は、「別に言ってもいいだろう？ホントの事なんだから。」を簡略したものだと思います。 「別にホントの事じゃん？」は、Aがそう（Bをバカだと思っている・・冗談まじりだと思いますがｗ）という肯定です。

ふたりの回答者 詳しく説明してくれてありがとうございました 参考になりました

Q:「別に」は下に打ち消しの語を伴うのではないですか？　 A:はい。多くの場合は、打ち消しの言葉を伴います。しかし、必ず伴うわけではありません。例えば、Ａ）「消しゴム貸して！」Ｂ）「別にいいよ」という会話では、Ｂは打ち消しの言葉を伴っていません。この「別にいいよ」には、「そんなことは、いいに決まっています。当たり前でしょ。」の気持ちが表現されています。ご質問にある「別にホントの事じゃん？」も、「そんなこと（兄貴がバカなこと）は、ホントです。当たり前でしょ。違うの？」という気持ちが表現されています。 Ｑ:「じゃん」は相手に同意や確認を求める意で実際は肯定の意味ではない？ A:両方だと思います。「じゃん？」であれば、同意や確認をしていると思います。 「そんなことどうでもいいじゃん」の場合は「そんなことどうでもいいと思います。そうでしょ？」という意味ですが、相手からの返事を期待して質問しているというよりは、「そんなことどうでもいいと思います。あなたもそうだよね？」と同意を求めています。 「そうじゃん」の場合は、「そうだと思います。そうじゃないかなあ？」という意味で、肯定しているけど、確信していないか、単に「そうだと思います」の意味だと思います。横浜や関東の方言になります。この場合、「じゃん」＝「です」になります。だからどんな言葉でも「じゃん」を使うことができます。「頭が痛いです」＝「頭痛いじゃん」などなど。 「やるじゃん」 はちょっと特殊で「やるなあ」の意味になります。「（あなたはすごいことを）やるんですね」の意味です。 Q:「別にホントの事じゃん？」＝「別にホントの事です」　だから、これは矛盾ではない？ A:はい。矛盾ではありません。 「別にホントの事じゃん？」＝「そんなこと（兄貴がバカなこと）は、ホントです。当たり前でしょ。違うの？」です。この最後の「違うの？」も質問というよりは、兄＝ホントにバカに同意を求めています。