Tutti e tre i modi sono corretti. Naturalmente "che cosa vuole dire" puoi utilizzarlo nel caso in cui parli di una terza persona, oppure quando ti rivolgi a qualcuno in modo formale.

It's depends from the context..In an informal conversation with your friend, the way of speaking more used is " Cosa Vuoi dire? without "CHE".

Abbiamo un verbo adatto: significare. Che cosa significa questo ? Cosa vuoi dire con questo ? Attenzione al tono che usi, perche` potrebbe sembrare polemico (inizo di un contrasto).