its difficult to explain because they are too similar
they both mean dirty and we use them - in dialect- in the same way.
but in my opinion: i think the deference in MSA is
متسخ: يطلق على الشئ الذي أصله النظافة وتعرض لقذارة
مثل: الغرفة متسخة - ثوبي متسخ
قذر : يطلق على الشئ الذي أصله نجس -
مثل : الفضلات تعتبر قذارة ( ليست وساخة )
وعادة ما يستخدم كتعبير عن الأمور غيرالمادية.
مثل: كلام قذر -- (لا يمكنني أن أقول كلام متسخ)
المثال التالي ربما يوضح لك الصورة أكثر:
لا تلمس القاذورات حتى لا تتسخ يداك.