Da completamente igual, son igual de usadas, yo creo que quizá escuches más ¿Qué?

Es lo mismo las dos se usan por igual, también podes decir: ''Disculpame podrías repetirlo?'' o tan solo un ''disculpa'' se entiende que le estas pidiendo disculpas por no entender lo que ha dicho.

cuando no entiendes se usa( que) la diferencia es cuando es un amigo de confianza dices QUE DIJISTE, si es alguien que no conozcas se dice QUE DIJO esto es mas respetuoso

Es mas formal si preguntas ¿Cómo? Solo con personas de confianza deberias usar ¿Qué?