只是强调的内容不同，前者侧重强调“坐着”，后者侧重“看书”。youkoufiona的回答就很详细了

意思是一样的，但强调的内容不同。 我在沙发上坐着看书——强调“坐着”这个动作，因为你还有可能在沙发上躺着看书。 我坐在沙发上看书——强调“看书”这个动作，因为你还有可能坐在沙发上干别的事情。也可以说强调“沙发”这个地点，因为你也有可能坐在别的地方看书，比如椅子。你想强调哪一个，就把哪一个词发音发得重一点。

基本没有区别，硬要细究的话，“我在沙发上坐着看书”着重点在动作“坐着”，“我坐在沙发上看书”着重点在地点“沙发上”。但这个区别十分微小，基本可以忽略不计，具体还是要看语境以及上下文。