Hola, Estoy de acuerdo con Alejo, sin embargo, en México si se usa con más frecuencia pero de manera muy informal, algunas veces es considerada esa palabra como "grosería". Si nos das más información sobre el contexto te podríamos aclarar completamente tu duda.

La primera definición de apendejar en el diccionario de la real academia de la lengua española es atemorizar. Otro significado de apendejar en el diccionario es acobardarse. Apendejar es también hacerse bobo. Aunque debo decirte también que prácticamente no se usa :) Apendejar es en infinitivo, así que apendeja sería la conjugación en imperativo para la segunda persona del singular. Tu apendeja.