Al consultar el diccionario de la RAE vemos que: tomar en cuenta: 1. loc. verb. Admitir alguna partida u otra cosa en parte del pago de lo que se debe. 2. loc. verb. Apreciar, recordar un favor, una circunstancia notable o recomendable. 3. loc. verb. Grabar en la memoria un dicho o hecho ajenos que han molestado especialmente. 4. loc. verb. tomar en consideración. 5. loc. verb. tener en cuenta. en su 5º acepción lo consideran sinónimo de "tener en cuenta", dicho lo cual yo diría que al menos en el español de España, es muchísimo más común "tener en cuenta" sobre "tomar en cuenta".

No hay diferencia alguna.