Да, есть разница! Отличный вопрос! Если говорить простым языком, 1) То ли .... , то ли..... - говорящий знает признаки перечисляемых единиц, сопоставляет их( сравнивает ) и делает выбор в пользу одного из них. Например: Сегодня шёл то ли снег, то ли дождь. - Я знаю, что такое снег. Я знаю, что такое дождь. Но то, что было сегодня, не было похоже ни на снег, ни на дождь. 2) Не то..., не то.... - говорящий не уверен, как определить предметы, поэтому не может сделать выбор в пользу одного из них.

"то ли... то ли..." = either or "не то... не то..." = neither nor

Смысл один, но "не то, не то" более устаревшая версия, как из классической литературы.

Это одно и то же.

по смыслу одно и тоже! Пример №1 За окнами то ли снег, то ли ледяной дождь. За окнами не то снег, не то ледяной дождь. Пример №2 Машина не идет: то ли колесо спустило, то ли мотор заглох. Машина не идет: не то колесо спустило, не то мотор заглох.