Yo pensaba que él ya hubiera llegado. Yo pensaba que él ya había llegado. Yo pensaba que él ya habría llegado. All three of these are correct. It totally depends on context and the amount of certainty or uncertainity one has. 1. Qué raro que no viniera. Yo pensaba que él ya hubiera llegado antes que yo a estas horas. - hypothesizing 2. ¿No ha venido todavía? Yo pensaba que él ya había llegado como no lo ví en casa. - certainty 3. No sé si viene. Yo pensaba que él ya habría llegado como me dijo que venía. Analyzing these formats may vary tremendously among Spanish-speaking countries, but the general rule should apply.

Usamos el subjuntivo ("hubiera llegado") con "no pensar" porque implica duda o negación. En cambio, con "pensar," expresamos certeza o afirmación, por lo que usamos el indicativo: "Yo pensaba que él ya había llegado" es correcta. "Yo pensaba que él ya hubiera llegado" no es correcta, ya que "pensar" no requiere subjuntivo en este contexto. Espero que sea útil la información, si deseas practicar más el subjuntivo te puedo ayudar. Saludos desde México.

Hola, El verbo "pensar" es un verbo para expresar la -opinión-, por lo que puede usarse con subjuntivo. También usamos subjuntivo con los verbos de -voluntad y percepción-. Además, es necesario recordar que las expresiones negativas que denotan incertidumbre, necesitan usar el subjuntivo. Espero que esta respuesta te ayude a comprender un poco mas del subjuntivo. Si quieres aprender más al respecto, no dudes en contactarme, con gusto te ayudaré.

En resumen: No pensar + que + subjuntivo: Expresa duda o incredulidad. Pensar + que + indicativo: Expresa creencia o certeza.