Prawidłowo będzie:
Gdybym pojechał do Krakowa...
W trybie przypuszczającym końcówka osobowa "przyklejona" jest do "by", a nie do czasownika:
(ja) Gdy[-bym] pojechał
(ty) Gdy[-byś] pojechał
(on) Gdy[-by] pojechał (w trzeciej osobie jest samo "by")
Pisze się to razem, ale oddzieliłem graficznie, żeby zaznaczyć element zmienny.