其实我觉得这三个词没有什么区别。只是说出来给人感觉有点差别罢了。不过，我们在口语中好像经常用"但是"多一些。

如果真要区别的话，"但是"会更加强调后面的内容。比如说:虽然她矮，但是她漂亮。这句话就会让人容易忽略她矮，只记得她漂亮。

至于"可是"就比较没有这种感觉。比如:她虽然数学不好，可是她英语好。两件事情会比较有并列的感觉。

"不过"的转折感似乎更弱一些。

哈哈 这真是个难题。我觉得真的只是感觉上的区别而已。在日常的对话中，大家说话都很快，不会有人太在意这三个词的区别的。

I think '不过' is as same as 'however'. 

Eg. 我不爱上英语课，但是（可是）明天它就要考试了，可是（但是）我一点也没有复习，不过还好剩几个小时可以让我准备。

以你现在的水平，还是不用去区分它们了，最好的办法是模仿，看母语者什么时候用哪个词，你就怎么用。

这三个词肯定是有区别的，母语者都是自然而然的选择它们，未必能说出它们的区别来。比如：

虽然她矮，但是她漂亮。

虽然她矮，可是她漂亮。

虽然她矮，不过她漂亮。

虽然她矮，然而她漂亮。

全部成立，谁能说清楚这四句话有什么不同？至少我敢肯定，能不能只记得她漂亮和用“但是”还是“可是”、“不过”、“然而”没有关系。