使用问题

你更喜欢用 认识你很高兴 还是 很高兴认识你吗？

Both of them. They are all right!

According to some theory, Chinese people tend to say cause first and then result. So "认识你很高兴" should be the standard way of expression. But, take it easy, that's only a theory, and in our daily life, we use ”很高兴认识你" very often. 

使用问题

你更喜欢用 认识你很高兴 还是 很高兴认识你吗？

你更喜欢用 认识你很高兴 还是 很高兴认识你呢？

 认识你很高兴 -在第一次见面要分手时更切合语境

 很高兴认识你 -nice to meet you