Hola,

1. Cuando estas preguntando por una casa concreta, una casa que estas viendo o que tienes cerca y puedes señalar: hablamos de LA casa. LA ya nos dice y nos da a entender que la persona a quien se lo decimos sabe de que casa nos referimos. 

Ej. Estamos delante de tu casa y señalando la casa te pregunto: ¿De que es la casa? Tu ya sabes que te estoy preguntando por tu casa y me responderás: Es de madera.

2. Cuando la pregunta es general, cuando quieres saber de que material está hecha una casa (da igual la que sea): diremos UNA casa. 

Ej. Vamos en el autobús y te pregunto ¿De que es una casa? como no te he dicho cual, entiendes que me refiero a cualquiera o te pregunto de que son la mayoría de casas. Tu me responderás: Es de madera.