substitute teacher = 代行教員(だいこうきょういん) or 代行教師(だいこうきょうし)
substitute = 代行する(だいこうする) or 代行授業をする(だいこうじゅぎょうをする)
でいいと思います。
"I work as a substitute teacher."
代行教員として働いています。
"Today I substituted (substitute taught) a first grade class."
今日、1年生の授業を代行しました。
or 今日、1年生の授業で代行授業をしました。