"Everything happens for a reason But sometimes it is hard to discern" = "Todo sucede por una razón, pero a veces es difícil discernir"
discernir = distinguir una cosa de otra.
"Todo sucede por una razón (o por un motivo), pero a veces es difícil distinguir una cosa de otra"
O sea que a veces es difícil saber cuál es la razón exacta por la que suceden las cosas.