Hola Crystal:
Es fácil. Normalmente te duele una sola casa, o la cabeza o la garganta. Entonces, acostumbrado a decir "Me duele la cabeza" o "Me duele la garganta", dices "Me duele la cabeza y la garganta".
Pero tú tienes razón. Lo correcto si te duelen las dos cosas, es que utilices el plural: "Me duelen la cabeza y la garganta".
De cualquier manera, te van a entender. Espero haberte ayudado.
¡Un saludo, Crystal!