"Navegar la red" y "navegar por la red", ambos son correctos. Ambos se escuchan bastante en España.
En Latino América uno puede escuchar "Surfear en Internet", "Surfear por Internet", como también "navegar la net", "navegar por internet", etc. Puedes usar varias cantidades de combinaciones, depende del dialecto. (Los cuales no estarán correctos a lo que La Real Academia dice, pero uno escucha varias combinaciones).